Manoma, kad pirmieji Japonijos gyventojai buvo ainu ir malazijiečių – polineziečių protėviai, kurių dalis jūrų keliu persikėlė į Šiaurės Ameriką. Tai – vadinamieji Džiomono žmonės (縄文人 – Džōmondžin) priklausę australoidinei rasei. Prasidėjus atšilimui, po paskutiniojo ledynmečio, (apie 12 000 metų pr. m. e.) susikūrė Džiomono kultūra (縄文文化 – Džōmonbunka). Tai buvo pusiau sėslūs medžiotojai-rinkėjai – pirmų žinomų keramikos dirbinių gamintojai.
Apie 300 m. pr. m. e. prasidėjo dar viena invazija į salyną, greičiausiai vykusi iš Korėjos ir susijusi su Kočiosono valstybės ekspansija. Naujieji atsikėlėliai Japonijoje vadinami Jajojaus žmonėmis (弥生人 – Jajoidžin) ir atsinešė geležies apdirbimo bei žemdirbystės paslaptis – Jajojaus kultūrą (弥生文化 – Jajoibunka). Maišantis vietiniams gyventojams su atsikėlėliais formavosi japonų tautybė.
Šiauriniame Kiūšiū, vėliau ir pietiniame Honšiū, išplito savitos geležies amžiaus kultūros, formavosi pirmosios valstybėlės. Iškelta hipotezė, kad 167 m. apie 30 nedidelių valstybių suvienijo magė-žynė Himiko(卑弥呼). Honšiū saloje (Asukos regione) pradėjo dominuoti Jamato (大和) valstybė, kurioje labiausiai garbinama buvo saulės deivė Amaterasu (japoniškai 天照大神 Amaterasu-ōmikami), iš kurios imperatoriai kildino savo dinastiją. Pasak mitologijos, Jamato apie 660 m. pr. m. e. įkūrė legendinis imperatorius 神武 天皇 – Džimmu Tennō. Pirmasis istoriškai įrodytas imperatorius yra 応神天皇 (Ōdžin Tennō) Odžinas, valdęs apie 270-310 m. (kitais duomenimis – 270-300).
Senovė (V a. – 1185 m.)
Didysis Buda Tōdai-dži (東大寺) šventykloje, 752 m.
Rašytinė Japonijos istorija prasidėjo V-VI a., kai salose ėmė plisti kinų raštas, budizmas ir kitos kinų kultūrinės tradicijos. Po 645 m. Taika reformos japonai pertvarkė valdžios struktūras pagal kinų pavyzdį.
Nuo VIII a., Naros laikotarpiu plačiai propaguotas budizmas. Tuo metu buvo parašyti senieji Japonijos metraščiai „Kodžiki“ (古事記 – 712 m.), „Fudoki“ (風土記 – 713-740 m.) ir „Nihonšioki“ (日本書紀 arba „Nihongi“ 日本紀) (720).
794 m. sostinę perkėlus į Hejano (平安京 – Heian-kiō miestą (dabartinį – Kiotą – 京都), kuri Japonijos sostine išbuvo daugiau nei tūkstantmetį, prasidėjo Heian laikotarpis (平安時代 – Heian džidai). Tuo metu imperatoriai jau buvo beveik netekę centrinės valdžios, viską kontroliavo Fudživarų klanas (藤原氏 Fudživara-ši). Šis laikotarpis dažnai vadinamas Japonijos aukso amžiumi, nes jo metu suklestėjo japonų menas, poezija ir literatūra.
