Japonija – salų valstybė, išsidėsčiusi palei Azijos Ramiojo vandenyno pakrantę. Iš rytų salas supa Ramusis vandenynas, vakaruose - Japonijos jūra, pietuose – Rytų Kinijos, šiaurėje - Ochotsko jūra. Tarp Honšiū ir Šikoku salų įsiterpusi Seto Naikai (vidaus) jūra.
Tai ketvirta pagal dydį po Indonezijos, Madagaskaro ir Papua-Naujosios Gvinėjos salose esanti valstybė. Šalį sudaro daugiau nei 3000 salų, iš kurių tik apie 340 yra didesnės nei 1 km².
Didžiausios Japonijos salos yra keturios. Iš pietų į šiaurę: Kiūšiū (九州 – 36 554 km²), Šikoku (四国 – 1 825 km²), Honšiū (本州, didžiausia sala – 230 448 km²) ir Hokaidas (北海道 – 78 073 km²).
Apie 70 %-80 % visos Japonijos teritorijos užima miškingi, kalnuoti [15][16], žemdirbystei ar pramonei netinkami plotai. Tai lėmė neįprastai didelį gyventojų tankį urbanizuotose vietovėse, daugiausia įsikūrusiose prie krantų. Japonija yra viena tankiausiai apgyvendintų šalių.[17]
Japonijos salynas įsikūręs labai tektoniškai aktyvioje zonoje, vadinamoje Ugnies žiedu, kur susiduria 3 tektoninės platformos. Dėl to Japoniją dažnai krečia nestiprūs požeminiai smūgiai, nereti čia ir ugnikalniųišsiveržimai. Destruktyvūs žemės drebėjimai, dažnai sukeliantys cunamius ištinka Japoniją keliskart metuose..[18] Pastarieji stipriausi drebėjimai šalį ištiko 1995, 2004 ir 2011 m. Šalyje gausu karštųjų versmių, kurios išnaudojamos turizme kaip pramoga.[19]
Didžiajai daliai Japonijos teritorijos būdingas vidutinių platumų klimatas, kuris, dėl Japonijos didelio ištęstumo iš šiaurės į pietus, įvairiose Japonijos dalyse žymiai skiriasi. Pagal Japonijos geografinius bruožus galima išskirti 6 pagrindines klimato zonas:
- Hokaido. Šiauriausiajai Japonijos sričiai būdingos ilgos, šaltos žiemos ir trumpos pakankamai vėsios vasaros. Dideliu kritulių kiekiu teritorija nepasižymi, tačiau žiemą čia dažnai pasitaiko sniego klodų.
- Japonijos jūros. Vakariniame Honšiū krante šiaurės vakarų vėjas žiemos metu atneša daug sniego. Vasaros čia kiek vėsesnės nei Ramiojo vandenyno zonoje, tačiau neįprastų karščių pasitaiko dažnai dėl vyraujančio vėjo feno.
- Centrinės aukštumos. Būdingas tipinis žemyninis klimatas – didelė metinė ir paros temperatūrų amplitudė, mažai kritulių.
- Japonijos vidinės jūros. Čiūgoku ir Šikoku esantys kalnai apsaugo zoną nuo sezoninių vėjų, todėl šiai zonai būdingas švelnus klimatas.
- Ramiojo vandenyno. Rytų krantui būdingos šaltokos žiemos su nedaug sniego ir drėgnos bei karštos vasaros dėl pietrytinio sezoninio vėjo.
- Riūkiū salų. Riūkiū saloms būdingas subtropinis klimatas – karštos vasaros, šiltos žiemos, labai daug kritulių, ypač lietingojo sezono metu. Čia dažnai kyla taifūnų.
Aukščiausia temperatūra Japonijoje,- 40,9 °C, užfiksuota 2007 m. rugpjūčio 16 d. Gifu prefektūroje.[20]. Tą pačią dieną tokia pati temperatūra užfiksuota ir Saitamos prefektūroje.
Lietingasis sezonas prasideda gegužės pradžioje Okinavoje. Didžiojoje Honšiū dalyje jis prasideda prieš birželio vidurį ir tęsiasi apie 6 savaites. Vasaros pabaigoje ir rudens pradžioje kylantis uraganai neretai atneša liūtis. Šiaurinėje Hokaido saloje lietingasis sezonas prasideda tik liepos gale.
Japonijoje yra 9 miškų ekoregionai, išsidėstę skirtingose geografinėse platumose – nuo subtropinių drėgnųjų plačialapių miškų Riūkiū ir Bonino salose iki vidutinių platumų spygliuočių miškų šiaurėje.[21]
